选择中山大学还是厦门大学进行有机化学考博，主要取决于以下几个因素：
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1. 学术实力：中山大学和厦门大学都是中国顶尖的高等学府，在有机化学领域都有很高的学术地位。中山大学位于广州，而厦门大学位于福建厦门。两校在有机化学的研究方向、科研成果、师资力量等方面都有各自的特色和优势。
2. 研究方向：了解两校有机化学的研究方向，看哪个更符合你的兴趣和职业规划。中山大学和厦门大学都有其特色的研究领域，你可以根据自己的兴趣选择。
3. 导师团队：导师的学术背景、研究方向、指导风格等都会对你的博士生涯产生重要影响。建议你提前了解两校有机化学领域的导师情况，选择最适合你的导师。
4. 地理位置：中山大学位于广州，经济发达，生活便利；厦门大学位于厦门，风景优美，生活节奏较慢。根据你的个人喜好和生活习惯，选择一个更适合你的城市。
5. 就业前景：考虑两校的毕业生在有机化学领域的就业前景，了解哪些企业或研究机构更倾向于招聘这两所学校的毕业生。
综合考虑以上因素，你可以根据自己的实际情况做出选择。以下是一些建议：
如果你对广州的生活节奏和就业机会更感兴趣，可以选择中山大学。
如果你对厦门的优美环境和学术氛围更偏爱，可以选择厦门大学。
建议你在做出决定之前，多与两校的导师和在读博士生交流，以便更全面地了解两所学校的情况。祝你考博顺利！
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