复旦大学医学系和复旦大学医学部在本质上并没有太大的区别，它们都是复旦大学下属的医学教育和研究机构。以下是一些可能存在的细微差别：
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1. 历史沿革：医学系可能是指历史上较早成立的医学教育机构，而医学部则可能是在发展过程中对医学系进行升级或调整后的称呼。
2. 组织架构：医学部通常是一个更加综合和宏观的机构，可能下辖多个学院或系，而医学系可能更专注于基础医学教育和研究。
3. 职能定位：医学部作为一个部门，可能承担更多的行政管理和资源协调职能，而医学系可能更侧重于教学和科研。
4. 规模和影响力：在某些情况下，医学部可能比医学系规模更大，拥有更多的教师、学生和研究项目，因此在学术界和社会上的影响力也更大。
复旦大学医学系和复旦大学医学部在复旦大学这个大背景下，都是为了培养医学人才、推动医学研究和医疗服务而设立的。具体差别可能需要根据复旦大学官方的说明和实际情况来判断。
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