合肥工业大学（合工大）的仪器科学与技术和机械工程都是该校的传统优势学科，各有特色和优势。
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1. 仪器科学与技术：
合肥工业大学在仪器科学与技术领域有较强的教学和科研实力，尤其在精密仪器、测试计量技术及仪器等方面有显著的研究成果。
该专业注重培养学生的实验技能和创新能力，适合对仪器设计、制造、检测和计量等方面有浓厚兴趣的学生。
2. 机械工程：
机械工程专业是合肥工业大学历史最悠久、规模最大的专业之一，涵盖了机械设计、制造、自动化、流体机械等多个方向。
该专业注重理论与实践相结合，培养的学生具备较强的工程实践能力和创新精神。
至于哪个更好，这主要取决于你的个人兴趣和职业规划：
如果你喜欢精密仪器的设计和制造，对科学实验和技术检测有浓厚兴趣，那么仪器科学与技术可能更适合你。
如果你更倾向于机械设计、制造、自动化等领域，那么机械工程专业可能更适合你。
建议你根据自己的兴趣和职业规划来选择，也可以咨询合工大的招生老师或在校学长学姐，以获得更具体的信息。
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