清华大学自动化系和中国科学院自动化研究所都是中国自动化领域的顶尖研究机构，各有其特色和优势。
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清华大学自动化系：
1. 历史背景：清华大学是中国最早开展自动化研究的高校之一，有着悠久的历史和深厚的学术积累。
2. 学术实力：清华自动化系在控制理论、智能系统、机器人技术等领域的研究处于国内领先地位，部分研究在国际上也具有影响力。
3. 人才培养：清华大学作为国内顶尖学府，其自动化专业在国内外享有很高的声誉，培养了大量优秀的自动化专业人才。
4. 国际合作：清华大学自动化系与国际上多个知名高校和研究机构有广泛的合作关系。
中国科学院自动化研究所：
1. 研究方向：中国科学院自动化研究所的研究领域较为广泛，包括模式识别、人工智能、机器人技术、自动化控制等。
2. 科研条件：作为中国科学院的研究机构，自动化所在科研设备和实验条件方面具有明显优势。
3. 科研成果：中国科学院自动化所在多个研究领域取得了显著成果，拥有多项国家级和省部级科研项目。
4. 人才储备：自动化所在国内自动化领域拥有较高的学术地位，吸引了大量优秀人才加入。
比较总结：
1. 学术地位：两所机构在自动化领域都具有很高的学术地位，各有特色。
2. 研究方向：清华大学自动化系在控制理论、智能系统、机器人技术等领域有较强实力；中国科学院自动化所在模式识别、人工智能等领域具有优势。
3. 人才培养：两所机构都注重人才培养，但清华大学自动化系在国内外享有更高的声誉。
4. 科研条件：中国科学院自动化所在科研设备和实验条件方面具有优势。
综上所述，清华大学自动化系和中国科学院自动化研究所各有优势，选择哪所机构取决于个人的研究方向、兴趣和职业规划。
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