Linux应用开发工程师需要掌握以下知识和技能：

1. 操作系统知识：

熟悉Linux操作系统的基本原理，包括进程管理、内存管理、文件系统、网络通信等。

掌握Linux系统的安装、配置和日常维护。

2. 编程语言：

掌握至少一门编程语言，如C、C++、Python、Java等。

熟悉Linux下编程环境的搭建，包括编译器、调试器等。

3. 脚本语言：

掌握至少一种脚本语言，如Bash、Shell、Python等，用于自动化任务和系统管理。

4. 系统编程：

熟悉系统调用、进程间通信（IPC）、信号处理等系统编程概念。

掌握Linux下的文件操作、目录操作、网络编程等。

5. 数据库知识：

熟悉关系型数据库（如MySQL、PostgreSQL）和非关系型数据库（如MongoDB、Redis）。

了解数据库的设计、优化和故障排查。

6. 网络编程：

熟悉TCP/IP协议栈，了解网络编程的基本原理。

掌握Linux下的网络配置、网络诊断工具（如ping、traceroute等）。

7. 版本控制：

熟悉Git等版本控制工具的使用，了解版本控制的基本概念和操作。

8. 容器技术：

了解Docker等容器技术，熟悉容器化部署和运维。

9. 虚拟化技术：

了解KVM、Xen等虚拟化技术，了解虚拟化在Linux系统中的应用。

10. 云计算知识：

了解云计算的基本概念，熟悉云计算平台（如阿里云、腾讯云等）的使用。

11. Linux内核知识：

了解Linux内核的组成、工作原理和模块化设计。

掌握内核编译、调试和性能优化。

12. 安全知识：

了解Linux系统的安全机制，如SELinux、AppArmor等。

掌握安全防护的基本技能，如防火墙配置、入侵检测等。

13. 自动化运维：

熟悉Ansible、Puppet等自动化运维工具的使用。

了解自动化运维的基本流程和最佳实践。

14. 持续集成/持续部署（CI/CD）：

了解Jenkins、GitLab CI/CD等工具的使用。

掌握CI/CD的基本概念和流程。

15. 项目管理：

了解敏捷开发、Scrum等项目管理方法。

掌握项目管理的基本技能，如时间管理、风险管理等。

以上是Linux应用开发工程师需要掌握的主要知识和技能。当然，实际工作中还需要根据项目需求和个人兴趣进行相应的学习和拓展。