数学系中哪门课最难学这个问题比较主观，因为不同的人可能对难度的感受不同，而且难度也可能会随着学习者的背景、兴趣和努力程度而变化。以下是一些在数学系中通常被认为难度较高的课程：
1. 泛函分析：研究函数空间和线性算子，涉及复杂的概念和抽象理论。
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2. 代数几何：结合了代数和几何，研究代数结构在几何中的应用，对抽象概念的理解要求很高。
3. 数论：研究整数及其性质，包括但不限于素数、同余、二次互反律等，对证明技巧要求较高。
4. 拓扑学：研究空间的结构和性质，包括点集拓扑、微分拓扑、代数拓扑等，对抽象思维和空间想象能力要求高。
5. 组合数学：虽然听起来比较直观，但深入的研究需要解决一些非常复杂的组合问题。
6. 概率论与数理统计：涉及大量的概率分布、随机过程和统计推断，对数学直觉和逻辑推理能力要求高。
7. 微分方程：解决实际问题的重要工具，但理论和应用都非常复杂。
8. 数学物理方程：结合了数学和物理，研究波动、扩散和流体力学等物理现象的数学模型。
上述课程都有其独特的难度和挑战，而且不同学校、不同教师的教学方式和课程内容也可能影响学生的感受。因此，对于“最难学”的课程，每个人可能有不同的答案。
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