脊索动物门（Chordata）与环节动物门（Annelida）在进化关系上比较接近。脊索动物和环节动物都拥有一些共同的原始特征，如身体分节、体腔等。但是，脊索动物门的特征更为高级，如具有脊索、神经管、鳃裂等，这些特征在环节动物中并不存在。
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在生物分类学中，脊索动物门通常被分为几个亚门，其中最接近脊索动物的是尾索动物亚门（Urochordata，又称海鞘）和头索动物亚门（Cephalochordata，又称文昌鱼）。这两个亚门的生物在进化树上与脊索动物门的其它亚门（如脊椎动物亚门）相比，更接近脊索动物门的原始形态。
因此，从进化关系上来看，脊索动物门与尾索动物亚门和头索动物亚门更接近。
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